Pri miešankách určených na zelené hnojenie zložených z viacerých druhov je rastový habitus porastu komplexnejší. V poraste sú druhy s horizontálnym aj erektoidným postavením listov a s rôznou hĺbkou a mohutnosťou koreňového systému. Architektúra porastu nad zemou zabezpečuje maximálnu intercepciu svetla rastlinami a vyššiu efektívnosť využitia žiarenia (a aj vyššiu konkurenčnú schopnosť v boji o svetlo s burinami). Zmes rastlín vytvára komplexnejší koreňový systém, v ktorom sú zastúpené plytšie a hlbšie zakoreňujúce druhy so zväzkovitým alebo kolovitým koreňovým systémom. Výsledkom je veľká hustota koreňov a ich optimálna priestorová distribúcia umožňujúca využívať vodu a živiny z celého pôdneho profilu. Schopnosť takéhoto súboru koreňov extrahovať vodu aj zo suchej pôdy potom pozitívne ovplyvňuje aj konkurenčnú schopnosť porastu voči burinám, svetlu, získavaniu živín a pod.). V dôsledku klimatickej zmeny častejšie sa vyskytujúci stres zo sucha posúva konkurenčnú rovnováhu v prospech hlboko koreniacich druhov.

Najhorším variantom pre pôdu je situácia, keď je pôda „holá“, bez rastlinného pokryvu. Všetky jej úrodové parametre sa zhoršujú. A maximalizujú sa straty vody evaporáciou. Preto treba do postupnosti plodín zaradiť medziplodinu formou miešanky na zelené hnojenie.

Hlavné straty vody predstavuje priama evaporácia (výpar) z pôdneho povrchu a vertikálna drenáž (únik) vody mimo dosah koreňového systému. Zelené hnojenie znižuje tieto straty až o 50 %. Na evaporačné straty vody má veľký vplyv rýchlosť vývoja listovej plochy mladého porastu. Čím rýchlejšie je porast zapojený, tým sú straty vody evaporáciou nižšie. Vhodné zloženie miešanky ich znižuje.

Dôležité je aj zachytenie vody, ktorá by ináč drénovala mimo dosah koreňového systému. Druhy zaradené v miešanke s aktívnymi hlbokými koreňmi znižujú drenážne straty vody, čo je dôležité najmä v arídnych (suchých) a semi-arídnych podmienkach.

Svojími vlastnosťami sú rastliny na zelené hnojenie v prezentovaných kombináciách schopné efektívne využívať vodu z pôdneho profilu a dosahovať vysokú produktivitu vody v súlade s aktuálnym trendom vyjadreným heslom: „viac úrody na kvapku vody“.

Pestovanie rastlín na zelené hnojenie možno považovať za vodu šetriacu technológiu, či už vo forme hlavnej plodiny (zriedkavé) alebo medziplodiny (časté).

Navyše, ak je biomasa rastlín ponechaná vo forme mulču na povrchu pôdy alebo je minimálnym spôsobom do pôdy zapracovaná, vytvára podmienky na ďalšiu elimináciu strát vody neproduktívnym pôdnym výparom (evaporáciou).